یکی از عواملی که باعث موفقیت نسخه قبلی و به احتمال زیاد این نسخه می شود، داستان بازی است. داستان بازی را یکی از بهترین نویسندگان بازی یعنی آقای کوری می (Corey May) نوشته است. از آثار این نویسنده می توان به Prince of Persia: Warrior Within،Stolen،Prince of Persia: The Two Thrones،Army of Two و Assassin's Creed اشاره کرد. البته اکثر بازی های ساخته شده توسط استودیوی Ubisoft آن هم شعبه Montreal از داستان های بسیار خوبی بهره مند هستند. داستان بازی کیش یک آدم کش 2 از جایی آغاز می شود که دزموند مایلز (Desmond Miles) که به وسیله دستگاه Animus توانسته بود به دوران جنگ های صلیبی سفر کند و نکات ناگفته آن زمان را کشف کند به همراه دختر جوانی به نام لوسی استیلمن-Lucy Stillman-که مسئول دستگاه Animus است از محلی که در آن فعالیت می کنند، فرار کند. پس از اینکه آن ها موفق می شوند از دست ماموران امنیتی فرار کنند به محل جدیدی می روند که دستگاه Animus 2 در آن قرار دارد. آن ها باز هم سعی دارند که به وسیله این دستگاه به گذشته بروند و در نقش یکی دیگر از اجداد دزموند که اتزیو آودیتوره دی فیرنز (Ezio Auditore di Firenze) نام دارد به بخش نا معملوم دیگری از تاریخ دست پیدا کنند. آن ها در قرن پانزدهم به ونیز می روند. در آن روز اتزیو تازه به دنیا آمده است. بعد از آن بازی به زمانی سفر می کند که دیگر اتزیو به مرد جوانی تبدیل شده است. خانواده اتزیو یکی از خانواده های مهم آن زمان ونیز هستند که یک راز بزرگ را در خود دارند. پدر اتزیو که جیووانی(Giovanni) نام دارد عضو یکی از گروه های [حشاشیون] آن زمان است. اما اتفاقی باعث می شود که هویت پدر او فاش شود. هنگامی که مشخص می شود که پدر جیووانی یکی از حشاشیون های معروف بوده است، دولت آن زمان او و دو پسر دیگرش را به اعدام محکوم می کنند. روز اعدام آن ها فرا می رسد و اتیزیو به همراه خواهر و مادرش با اندوه فراوان در حال نگاه کردن به اعضای خانواده شان هستند. پس از اعدام، اتزیو قسم می خورد که انتقام خون پدر و برادرانش را از عاملین این اتفاق بگیرد. به همین دلیل اتزیو نیز راه پدرش را در پیش می گیرد و به گروه حشاشیون می پیوندد و...